ちょっと偉そうな立場から
Unity初心者、初学者に向けて簡単に解説したいと思います。
一番最初にやるのは添付画像で示すようなフォルダ構成を作る作業です。
この後色々なプラグインが入るのですが、まずは自分が作ったファイルがどれなのか
すぐに分かるようにフォルダをこの構成にすることが大切
Assets直下に Scripts を作る行為はかなり罪深いことになっているので
気をつけましょう。
最終的に使わなくなったアセットを削除したい時は
関連するフォルダを削除するだけでよいのです。
そういう風な作りとなるようイメージしながら作るとよいと思います。